З мускатним горіхом готують варення, компоти, пудинги та солодощі з тіста - кренделі, печива, пироги і т.д. У західноєвропейській кухні його застосовують для ароматизації овочів - додають у салати і пюре з картоплі, брукви, ріпи, овочеві супи, майже в усі грибні страви, в соуси для всіх видів домашньої птиці, в макарони, в ніжні види м'яса та рибні страви (відварна і тушкована риби, холодець, рибні супи). Найбільш ефективне застосування мускатного горіха в стравах, де поєднуються м'ясо чи риба з овочами, грибами, тістом і в соусах, багатьом з яких мускатний горіх додає основний аромат. Без нього не обходиться консервна, особливо рибна, промисловість. З ним маринують оселедець, коптять саму різну рибу.